Hasta la emancipación del municipio Alcuéscar y Montánchez eran una misma cosa de modo que la historia de Alcúescar en esa época sigue los avatares de la de Montánchez, el lugar fortificado más próximo y del que dependía casi completamente.
Levantaron el castillo sobre las ruinas de una fortaleza romana anterior, que habría de servirles tanto para defender la comarca de las hostilidades de los reinos cristianos del norte como para defender a los señores de las numerosas rebeliones y levantamientos de la zona. Montánchez estaba sujeto al walí - gobernador - de Mérida, capital de una de las cinco coras o regiones en las que se dividía la España califal y casi siempre sufrió su misma suerte. Más adelante la capital se desplazó a Badajoz. La actividad de esta comarca durante el inicio de la ocupación sarracena fue intensa. Numerosas sublevaciones de los nobles contra el poder central del emir de Córdoba asolaron estas tierras con frecuencia.
A mediados del siglo IX, en el año 830 concretamente, tiene lugar nuestro hecho más importante: la fundación de Alcuéscar. Esto se produce apenas 100 años después de la llegada de los moros y por lo tanto en un momento en que los reinos cristianos del norte se están reorganizando y apenas han iniciado la reconquista de los territorios ocupados. La fundación de nuestro pueblo al parecer se produjo durante una de las muchas rebeliones que en esta época protagonizaron los cristianos (mozárabes) de Mérida y su comarca. Cabe suponer que previamente a la fundación del pueblo ya existían en esta zona asentamientos anteriores, como demuestran los restos de algunas construcciones romanas y sobre todo el templo de Santa Lucía, en el lugar del Trampal.
Pocas décadas después de la fundación de Alcuéscar se produce un primer intento cristiano de reconquistar estas tierras; la incursión de Alfonso III de León en el año 881. El rey Alfonso penetró en la provincia lusitana atacando a sangre y fuego todo cuanto encontraba a su paso, incluso los castillos de la tribu de Nafza de suerte que Trujillo, Santa Cruz y los demás poblados berberiscos debieron quedar muy abatidos. Cruzó el lindero de Mérida, pasó el Guadiana y en una gran batalla causó 15.000 muertos a sus enemigos. Prueba el estado de desorden y confusión que reinaba en estas tierras cuando tan lejos llegó el rey cristiano talando y saqueando y pudo regresar victorioso y harto de botín a su reino. Se cree que el castillo de Montánchez no fue uno de los devastados en esta correría.
En los primeros años del siglo X un príncipe Omeya – un alucinado con ideas religiosas - capitaneó una incursión hacia el reino de León, al norte, probablemente con intención de revancha por la de Alfonso III, pero fue un estrepitoso fracaso. De nuevo Montánchez y su zona se libraron del desastre pues no parece que formasen parte de la expedición. Ya por estas fechas el reino de Badajoz se había independizado en cierta medida del poder califal. Los cristianos replicaron con nuevas incursiones en las que llegaron hasta Montánchez – esta vez sí, pasando a cuchillo a sus defensores - y Mérida, quedando éstos como vasallos tributarios del rey cristiano aunque por poco tiempo.
Tras la muerte de Almanzor, ya en el siglo XI, se disgrega definitivamente el califato y se constituyen los reinos de taifas. El reino de Badajoz se organiza en tres coras: Evora, Santarem y Mérida. En general los reinos de taifas son débiles y poco disciplinados, muchos de ellos tributarios de los reinos cristianos del norte. Aún así éstos seguían presionando militarmente y no cesaban las incursiones. A finales de ese siglo Alfonso VI inicia una intensa campaña. Temiendo los reyezuelos del sur que con sus fuerzas y por sus discordias y divisiones no serían capaces de contener el empuje arrollador de las tropas cristianas de Alfonso VI al centro, de Raimundo de Borgoña al oeste y de Ruy Díaz de Vivar - el Cid - al levante determinaron llamar en su auxilio a los almorávides de las tribus berberiscas de Lamtuna cuyo rey Yusuf se había apoderado de toda la Mauritania y contaba con poderosos ejércitos, con promesa de que había de respetar sus reinos.
Entró Yusuf pasando el estrecho por Algeciras el 1086 con un poderoso ejército y se dirigió al encuentro de las tropas de Alfonso VI a quien causó una grave derrota cerca de Badajoz. Triunfantes los almorávides, Yusuf volvió a África, pero dejó aquí a su general Syr quien viendo las rivalidades que entre los reyes taifas existían hizo volver a Yusuf, esta vez para conquistar los territorios. El rey de Badajoz y sus hijos fueron ejecutados. En el 1094 los almorávides se apoderaron del castillo de Montánchez y de la comarca. Así acabó el gobierno de los reyes aftásidas en Badajoz quedando sujeta la zona a la dominación de los fanáticos almorávides por espacio de cincuenta y dos años. La dominación almorávide cayó pronto en descrédito. Aquellos príncipes beatos, que no hacían otra cosa que rezar eran incapaces de imponer respeto a los cristianos. El ejército y el gobierno se corrompieron en poco tiempo; los soldados se acostumbraron a la vida muelle y ya no eran los feroces guerreros que conquistaron la Mauritania. De nuevo las incursiones cristianas eran frecuentes y efectivas, pasando continuamente los lugares de unas manos a otras. En 1142 Alfonso Vll conquistó Coria y en su correría posterior por Extremadura y Andalucía tomó el castillo de Montánchez, aunque la zona volvió pronto a poder de los mahometanos. No había fuerza para detener el avance cristiano, las incursiones eran cada vez más frecuentes y profundas.
En 1145 se produjo una rebelión general contra el poder almorávide en todos los reinos del sur que los expulsó del poder. En el norte de Africa tampoco les iban bien las cosas pues un nuevo grupo mahometano, los almohades, se estaba imponiendo militarmente. Tras apoderarse de los reinos del norte de Africa los almohades llegaron a la España musulmana imponiendo su poder hacia el año 1150.
Los almohades eran también un pueblo guerrero que pudo ofrecer más resistencia al avance cristiano que sus antecesores almorávides. Aunque continuaron las incursiones, algunas victorias sarracenas dejaron a los reinos cristianos contenidos en sus fronteras. Las luchas intestinas entre los reinos cristianos vinieron a complicar la cosa, llegando incluso a aliarse algunos de ellos con los moros en luchas fratricidas.
El año 1212 marca el hito de la caída definitiva del poder musulmán en la península. La batalla de las Navas de Tolosa, verdadera cruzada de la cristiandad, fue un rotundo fracaso para las tropas islámicas. Alfonso IX de León fue el único de los reyes cristianos que no acudió a las Navas, llevando la lucha de modo independiente.
Nos parece muy curioso el modo en que se guerreaba entonces. En 1214 se encontraba Alfonso IX sitiando la ciudad de Cáceres, con el decidido propósito de tomar la plaza por asalto, pues batieron las murallas con máquinas, consiguiendo derribar algunas torres y paños y estaban a punto de tener éxito. Pero entonces recibió don Alfonso un emisario del rey de Marruecos que le ofreció una suma considerable de dinero si levantaba el sitio de Cáceres y se marchaba a su reino. Curioso, ¿no?. Por absurdo que parezca el rey aceptó la oferta y se retiró con los prisioneros y el botín que había hecho. Después se encontró burlado, pues el sultán almohade no se cuidó de pagarle la suma ofrecida. Con hechos así resulta más comprensible que la Reconquista durase ocho siglos.
El poder almohade en nuestra península también fue breve. A partir de 1225 apenas algunas ciudades andaluzas seguían prestando obediencia a los reyes de Marruecos. Ya a partir de esas fechas la presencia musulmana en España queda reducida a pequeños reinos como el de Granada, muchas veces tributarios de los reyes cristianos.
Montánchez fue conquistado a los moros por la Orden militar de Santiago bajo el mando del rey Alfonso IX de León, en el año 1230 (según los Anales Toledanos) con todas las aldeas que a él pertenecían y fue cedido a la Orden de Santiago en ese mismo año. Dicha Orden se encargó de hacer los deslindes de los catorce pueblos que pertenecían al partido llevando el símbolo de la cruz a todas las entradas y lugares señalados de los pueblos.
Alcuéscar fue reconquistado exactamente 400 años después de su fundación, tiempo suficiente para que lo musulmán dejase una profunda huella cultural. El cambio de poder en aquél tiempo debió tener sobre todo un significado religioso. Al campesino poco le importa que sus diezmos vayan a parar al rey de León o al sultán de Marruecos. Alcuéscar siguió dependiendo de Montánchez, sin jurisdicción propia, hasta 1236. El cambio más profundo debió ser la sustitución de la Media Luna por la Cruz, de la mezquita por el templo cristiano, de los imanes por monjes y sacerdotes católicos. La introducción del cerdo como alimento, hasta entonces prohibida por el Islam. Y más tarde la Santa Inquisición, presta a erradicar con penas durísimas cualquier resto de herejía o tradición musulmana.