Yo diría que son correctas las dos, y más estética la primera. En realidad creo que depende de la intención y de cómo lo imagines. Una exclamación pone énfasis, se lee de modo exaltado, por ejemplo:

¡Por Dios, deja de molestar!

Aquí toda la frase es enfática, por lo tanto toda debe ir entre signos de exclamación.

Pero aquí:

¡Vaya, eso no me lo esperaba!

Tal como yo la veo, es enfática sólo la palabra "vaya", el resto es una frase sin exaltación, que se ha de leer con tono normal. O sea, en este caso sería:

¡Vaya!, eso no me lo esperaba.

En el ejemplo que pones, para mí la segunda parte no es enfática:

¡Te voy a matar!, así que empieza a rezar.

Pero también podría considerarse toda ella dicha con exaltación. Depende de cómo lo imagines. Sería correcta también ¡Te voy a matar, así que empieza a rezar! La otra opción: ¡Te voy a matar!, ¡así que empieza a rezar!, no podría decir que sea incorrecta formalmente pero no me parece la mejor solución.

En fin, lo más importante, tanto en exclamaciones como en interrogaciones, es que encierren lo que realmente sea exclamación o pregunta respectivamente.

¿Pero lo sabe Inés? >> Pero ¿lo sabe Inés?

¡Conque, fuera de aquí! >> Conque ¡fuera de aquí!

Saludos