En el segundo caso tiene Ud. razón, y es algo que ya se había comentado en LEA pues alguien estaba abogando por lo contrario y lo señalaba como error. Recuerden: después de ? y de ! no se pone punto, pero después de ?" o después de !" sí.
En el primer caso, la RAE establece que los signos de puntuación se colocan siempre después de las comillas de cierre. Naturalmente, el texto que va dentro de las comillas lleva sus propios signos ortográficos. Sin embargo, cuando un texto entrecomillado acabe en punto, este se escribirá detrás de las comillas de cierre. En los usos de otras lenguas, a diferencia del español, si el texto entrecomillado tiene sentido completo y es independiente de la oración o párrafo en el que se encuentra, el punto se escribe antes de las comillas de cierre. En español, lo tradicional ha sido seguir la norma francesa, por lo que la propuesta académica, introducida en la Ortografía de 1999, supone una innovación que ha sido discutida por diversos ortotipógrafos, en especial José Martínez de Sousa.
En el Diccionario de tipografía y del libro, José Martínez de Sousa propone unas normas que considera «más lógicas, aunque seguramente no son las utilizadas por todos actualmente». Son similares a las francesas, aunque no exactamente iguales: cuando un entrecomillado «autónomo» va tras dos puntos, se pospone el punto a las comillas; si el entrecomillado está a comienzo de párrafo o después de punto, va dentro. Esta diferencia depende de considerar si el punto pertenece a lo entrecomillado o no. Si la comillas señalan una cita textual que acaba en un punto, el punto iría dentro de las comillas, y no pertenece al texto digamos corriente. Pero lo que dice la RAE, y el modo de no meter la pata, es poner el punto al final, fuera de las comillas. Y esto incide sobre el apartado que se comentó antes, porque si la frase acaba en ? y se supone que el punto va dentro (según Sousa), entonces no se pondría.
Un poco espeso el tema; vea más, y algunos ejemplos aquí:
http://www.wikilengua.org/index.php/ComillasSaludos.